Elias Lönnrot oli varhaisia suomalais-virolaisten kulttuurisuhteiden luojia. Hänen yhdestoista, viimeiseksi jäänyt tutkimusmatkansa suuntautui 170 vuotta sitten Viroon, jossa hän oleskeli lähes kuusi kuukautta. Lönnrot oli ensimmäinen suomalainen, joka matkusti etelänaapuriimme kielitieteellisten ja folklorististen tutkimusten vuoksi.
Lönnrotin viimeisten, 1840-luvulla tehtyjen tutkimusmatkojen päätarkoituksena oli kerätä lähisukukielistä aineistoa suureen suomalais-ruotsalaiseen sanakirjaan, jonka Suomalaisen Kirjallisuuden Seura oli vuonna 1840 antanut hänen laadittavakseen. Tuolloin ajateltiin yleisesti, että itämerensuomen eri kielimuodot olivat pikemminkin murteenomaisessa suhteessa toisiinsa kuin eri kieliä, ja Lönnrot toivoi saavansa sukukielistä aineksia etenkin suomen sanaston kehittämiseen. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura ilmoitti jo vuonna 1841 Viron oppineiden seuralle, että Lönnrot saapuisi piakkoin solmimaan suhteita ja tutkimaan Viron kansanrunoutta ja kieltä. Suunnitelma toteutui toisen matkan ja muiden töiden vuoksi kuitenkin vasta 1844. Edellisen vuoden lopulla oli ehtinyt valmistua laaja kokoelma Suomen Kansan Arwoituksia, johon Lönnrot oli liittänyt 135 virolaista arvoitusta vertailuaineistoksi ja samalla kielennäytteiksi lukijalle, ”jolla ei ole tilaisuutta Viron kieltä muissa kirjoissa nähdä”. Arvoitukset oli varustettu käännöksin.
Virossa Elias Lönnrot halusi kielitaidon kohentamisen ja sanakirjatöiden ohella perehtyä maan kahden päämurteen eroihin. Hän suunnitteli myös suomen, viron, saamen ja tšuudin (vepsän) vertailevaa kielioppia ja toivoi, että ehtisi koota riittävästi virolaista aineistoa siihen. Saavuttuaan Tallinnaan juhannuksena 1844 Lönnrot suuntasi pian matkansa Kuusaluun, jossa hän halusi tavata pastori Eduard Ahrensin ja keskustella hänen kanssaan viron kielen kysymyksistä. Ahrens oli edellisenä vuonna julkaissut saksankielisen viron kieliopin, joka poikkesi kaikista siihenastisista viron kielen esityksistä, sillä siinä oli luovuttu saksalais-latinalaisesta muotista ja otettu esikuvaksi suomen kielioppi. Vierailu Ahrensin luona jäi valitettavan lyhyeksi, koska isännän oli kiirehdittävä muutaman päivän kuluttua pappeinkokoukseen.
Lönnrotin taival jatkui Kuusalusta etelään Koeruun, jossa hän viipyi viikon verran. Hän asui majatalossa ja teki paikallisesta elämästä huomioita, jotka julkaistiin myöhemmin matkakuvauksessa Borgå Tidningissä. Hän totesi, että virolaisella rahvaalla on kaksi keskusta, kirkko ja kapakka. Hän olisi halunnut merkitä muistiin muutamilta naisilta kuulemaansa laulua, mutta nämä olivat jo niin humaltuneet, ettei yrityksestä tullut mitään.
Lönnrot saapui Tarttoon 9. heinäkuuta, ja siellä hän oleskeli pääosan Virossa viettämästään ajasta. Hän vuokrasi asunnon yliopiston piirustuksenopettajalta, nimineuvos August von Hagenilta. Tartossa Lönnrotille muodostui erityisen tärkeäksi tuttavuus tuon ajan parhaana viron kielen ja virolaisen kansanrunouden tuntijana pidetyn Friedrich Robert Faehlmannin kanssa. Faehlmannia, josta tuli hänen ystävänsä ja opastajansa, kuormittivat monet virkatehtävät ja luottamustoimet. Lönnrot kertoo matkakirjeissään, että Faehlmannilla saattoi olla päivittäin 60–70 potilasta, minkä lisäksi hän työskenteli yliopiston viron kielen lehtorina, hoiti dietetiikan eli ruokavalio-opin ja farmakologian professorin avoinna ollutta virkaa sekä toimi Viron oppineiden seuran esimiehenä. Eikä sovi unohtaa, että hänen harteillaan oli myös kansalliseepoksen laatiminen virolaisille. Hän oli jo vuonna 1833 – ennen Vanhan Kalevalan ilmestymistä Suomessa – ryhtynyt keräämään Kalevipoeg-aiheista perinnettä. Faehlmannilta riitti kuitenkin aikaa opettaa Lönnrotille viroa ja käydä hänen kanssaan keskusteluja viron kielen kysymyksistä, esimerkiksi kahden kirjakielen tilanteesta sekä ortografian ongelmista. Niin ikään Faehlmann vei Lönnrotin Viron oppineiden seuran kokouksiin. Elokuun lopulla järjestetyssä seuran tilaisuudessa Lönnrot piti esitelmän, jossa hän tarkasteli vertaillen suomen ja viron sanojen taivutusta. Samassa kokouksessa hänet valittiin seuran kunniajäseneksi.
Elias Lönnrot teki alkusyksystä lähes seitsenviikkoiseksi venyneen tutkimusmatkan Etelä-Viroon. Tuohon aikaan sivistyneiden matkamiesten oli tapana mieluummin yöpyä pappiloissa tai kartanoissa kuin vaatimattomissa kestikievareissa. Kartanoihin Lönnrot ei tahtonut periaatteesta mennä, sillä hän katsoi saksalaisen yläluokan sortavan virolaisia. Hän tekikin masentavia havaintoja talonpoikaisväestön kehnosta asemasta. Lönnrot taivalsi aivan Latvian rajan tuntumaan. Pisimpään, kymmenisen päivää, hän viipyi Rõugessa, josta on olemassa aikalaistodistus hänen kielitaidostaan: Rõugen pastori Carl Reinthal merkitsi tapaamisen jälkeen kirkonkirjaan, että suomalaisvieras oli kielellisesti huomattavan lahjakas ja osasi viroa niin hyvin, että tunsi sen hienoimmatkin vivahteet.
Võrussa Lönnrot tapasi lääkärinä toimivan Friedrich Reinhold Kreutzwaldin. Vierailu oli lyhyt ja varsin muodollinen, sillä perheessä oli paraikaa sairautta. Jälkeenpäin Kreutzwald totesi hieman pisteliäästi, että Lönnrot suvaitsi tarjota seuraansa vain pari tuntia. Miehet jäivät toisilleen etäisiksi. On muistettava, ettei Kreutzwald vielä vuonna 1844 ollut Virossa läheskään samassa määrin merkittävä kulttuurielämän vaikuttaja kuin esimerkiksi Faehlmann. Kreutzwald oli myöhemmin nyreissään myös siitä, ettei Lönnrot ollut vastannut hänen pitkään kirjeeseensä, jossa käsiteltiin eräitä Kalevipoeg-eepokseen suunniteltujen virolaisten ainesten ja Kalevalan yhtymäkohtia. Vastaamattomuuteen eivät kuitenkaan liene olleet syynä huonot välit, sillä Lönnrot esimerkiksi auttoi osaltaan Suomalaisen Kirjallisuuden Seurassa toimiessaan Kreutzwaldia tämän teosten julkaisemisessa. Ehkä Lönnrot koki vastaamisen vaivalloiseksi, sillä hän ei mielellään kirjoittanut saksankielisiä kirjeitä, ja Kreutzwaldhan ei suomea ymmärtänyt.
Tutkimukset ja Viron oppineiden seuran sanakokoelmien kopiointi veivät Lönnrotilta niin paljon aikaa, että hän pääsi lähtemään Suomeen suunniteltua myöhemmin, vasta joulukuun puolivälissä. Talven tulo esti Suomenlahden ylityksen, ja hän joutui tekemään paluumatkan pääosin jalkaisin tai hevoskyydillä Pietarin ja Viipurin kautta. Inkerinmaalla Kattilan kylässä hän tapasi merkittävän vatjalaislaulajan Anna Ivanovnan, jolta hän onnistui merkitsemään muistiin kansanrunoja lähes 2500 säettä – enemmän kuin kukaan muu kerääjä. Helsinkiin Lönnrot saapui vasta tammikuun lopussa 1845.
Lönnrot oli Viron-matkansa aikana vilkkaassa kirjeenvaihdossa ystäviensä ja tuttaviensa kanssa, ja otteita kirjeistä julkaistiin myös lehdissä, muun muassa Saimassa. Hän raportoi esimerkiksi keskustelusta, jota Virossa käytiin suomen ja viron sukulaisuudesta. Hänen sikäläisistä tuttavistaan Ahrens oli esittänyt viron olevan suomen kielen tytär, kun taas Faehlmann oli jyrkästi toista mieltä ja katsoi suomalaisten ja virolaisten puhuvan samaa kieltä. Suomen ja pohjoisviron erot eivät olleet sen suurempia kuin pohjois- ja eteläviron erot. Lönnrot puolestaan arvioi, että suomi ja viro olivat lähinnä sisarkieliä. Hän halusi valita kahdesta pahasta pienemmän, mieluummin ”pilatun sisaren, kuin pilatun lapsen” – pilaamiseen syyllisiä olivat saksalaiset ja heidän kielensä. Hänen käsityksensä mukaan suomi ja viro erosivat kielinä toisistaan jokseenkin saman verran kuin muinais- ja nykykreikka tai venäjä ja puola. Hän ei uskonut ”Suomea ja Wiroa milloinkaan enää voitavan yhdeksi kirjakieleksi taivuttaa”, kun August Ahlqvist tiedusteli häneltä tällaista mahdollisuutta joitakin vuosia matkan jälkeen.
Lönnrot esitti matkakirjeissään havaintoja viron ja suomen eroista. Virolle ominaisia piirteitä ovat vokaalisoinnuttomuus, samoin possessiivisuffiksien puuttuminen. Suomen vokaaliloppuista nominatiivia vastaa virossa usein konsonanttiloppuinen muoto (Lönnrot ei puhunut loppuheitosta, vaan piti viron edustusta alkuperäisempänä!), ja samankaltainen ero tavataan osin muissakin sijoissa. Niin ikään sisäheitto on kielessä tavallinen ilmiö. Lönnrotin mielestä muotojen lyhemmyys ja etenkin yksitavuisten sanojen runsaus oli uuden mitallisen runouden kannalta virolle etu. Hän totesi myös, että virosta puuttuvat komitatiivi, instruktiivi, prolatiivi ja essiivi, mutta kielessä esiintyvät rinnani, põlveni -tyyppinen terminatiivi sekä ga-päätteinen sija, joka lähinnä vastaa suomen komitatiivia. Verbimuotoja virossa on huomattavasti vähemmän kuin suomessa, sillä kielestä puuttuvat muun muassa refleksiivinen taivutus ja potentiaalimodus. Lisäksi infinitiivien sijavalikoima ja verbien derivaatio ovat virossa köyhempiä kuin suomessa. Etelä-Virossa Lönnrot oli havainnut, että sikäläiset nominien ja verbien taivutusmuodot ovat lähempänä suomea kuin pohjoisvirolaiset.
J. V. Snellmanille lähettämässään kirjeessä, joka osittain julkaistiin Saima-lehdessä, Lönnrot korosti viron sanaston tuntemisen tärkeyttä:
Viron kielen sanavarasto tuntuu antavan melkoisen lisän meidän äidinkielellemme, suomelle, kuten päinvastoin suomi saattaa korvaukseksi antaa vielä suuremman määrän virolle, ja viron kielen lähempi tunteminen on sitä paitsi tuiki välttämätön suomen kielen sanakirjan kirjoittamisessa, osittain sanan alkuperäisen merkityksen löytämistä varten, osittain sen vuoksi, että viron kielestä voidaan saada monta alkuperäistä sanaa, joihin suomi voi aikaa myöten vaihtaa joukon pahasti rääkättyjä ruotsinvoittoisen suomen sanoja. Useista asianhaaroista tahtoisin päättää että viro muinaisina aikoina oli kehittyneempi kieli kuin suomi.
Saksan kielen vaikutus oli kuitenkin pysäyttänyt viron omapohjaisen kehityksen, ja kieli oli alkanut mukautua saksaan. Suomen kehitys oli välttynyt syvälliseltä vieraalta vaikutukselta, koska kirjakielen perustajat olivat olleet syntyperältään suomalaisia. Nykyään tiedämme hyvin, kuinka Lönnrotin kaavailemassa sanojen vastavuoroisessa lainaamisessa on käynyt.
Elias Lönnrot pyrki matkallaan tutustumaan kielen ohella mahdollisimman hyvin myös Viron kirjallisuuteen. Hän osti ja sai lahjaksi melkoisen määrän sikäläisiä painotuotteita. Niin ikään hän tilasi Suomesta kirjoja virolaisille tuttavilleen. Tällaisella kirjallisuuden hankkimisella ja vaihdolla oli erittäin suuri merkitys aikana, jolloin maiden väliset yhteydet ja tieteellinen kanssakäyminen olivat vielä vaatimattomalla tasolla. Jo lokakuussa 1844 Lönnrot oli kirjoittanut Suomeen, että hänellä oli toistasataa virolaista kirjaa, mutta onneksi useimmat olivat vain ohuita vihkosia. Osa painatteista oli saksalaisten kertomusten viroksi käännettyjä mukaelmia, joilla oli kansaa valistava luonne. Lönnrot suunnitteli niiden muokkaamista edelleen suomeksi ja julkaisikin myöhemmin muutamia kertomuksia sanomalehdissä ja erillisinä kirjasina.
Elias Lönnrot ei käynyt Virossa toistamiseen, eikä myöskään suunniteltu Faehlmannin vastavierailu Kajaaniin toteutunut. Myöhemmin suomen kielen ja kirjallisuuden professorin virassa Lönnrot muun muassa opetti viroa sekä luennoi suomen, viron ja saamen vertailevaa kielioppia. Yhteydet Viroon ja virolaisiin eivät eläkepäivinäkään täysin katkenneet. Kesällä 1871 Lönnrot tutustui Viron kansallisen heräämisen merkkihenkilöön Johann Voldemar Jannseniin ja hänen tyttäreensä Lydia Koidulaan näiden Suomen-vierailulla. Viaporissa Lönnrotin tiedetään vuonna 1874 olleen kutsuilla, joilla suomalaiset vieraat ja virolainen isäntäväki käyttivät etupäässä viroa. Tilaisuudesta välitti kirjeessään ihastelevan raportin Georg Julius Schultz-Bertram, joka huomautti, että kotimaassa sivistyneistö puhui viroa ”vain paimenpoikien ja keittiöpiikojen kanssa”. Hänen tyttärensä asui Viaporissa armeijainsinöörin puolisona.
Lönnrotia ei unohdettu myöskään Virossa. Vuonna 1875 tarttolainen Eesti Kirjameeste Selts, jonka keskeisiä toimialoja olivat viron kielen tutkimus ja säätely sekä uuden ortografian levittäminen, kutsui Lönnrotin kunniajäsenekseen. Tämä kiitti seuraa saamastaan huomionosoituksesta ja esitti sen työlle onnen ja menestyksen toivotukset. Lönnrot oli kunniajäsenyytensä ansainnut, niin merkittävä oli hänen uraauurtava työnsä Viron, sen kielen ja kansanrunouden tunnetuksi tekemisessä ja tutkimuksen edistämisessä.