Kun Suomeen vuonna 1938 perustettiin Pyhätunturin kansallispuisto (joka nykyään on osa Pyhä-Luoston kansallispuistoa), Virossa ei vielä oltu valmiita ajatukseen omasta kansallispuistosta. Maasta ei katsottu löytyvän tätä tarkoitusta varten riittävän suurta asumatonta aluetta – edellytys, joka kuului Yhdysvaltain ensimmäisten kansallispuistojen perustamisen aikaiseen määrittelytapaan. Vasta vuonna 1969 Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto IUCN laati uuden kansallispuiston määritelmän, jossa korostettiin luontoarvojen ohella myös kulttuuriperinnön suojelua. Tämän jälkeen kansallispuistoja alettiin saada entistä enemmän myös maihin, joissa ei enää ole koskematonta luontoa.
Virossa luonnonsuojelu otti merkittävän edistysaskeleen vuonna 1957, jolloin säädettiin laki Viron SNT:n luonnon suojelemisesta – ensimmäinen laatuaan koko Neuvostoliitossa. Lyhyessä laissa keskityttiin lähinnä luontoarvojen suojelemiseen ja tutkimiseen, kulttuuriperintöä siinä ei mainittu. Lain tultua voimaan Viroon perustettiin useita luonnonsuojelualueita, kuten Matsalu ja Vaika, jotka molemmat ovat nykyään kansallispuistoalueita (Vaikan saaret, jotka oli suojeltu ensimmäistä kertaa jo vuonna 1910, kuuluvat nykyään Vilsandin kansallispuistoon).
Neuvostoliitossa suhtautuminen luonnonsuojeluun oli koko valtion olemassaolon ajan ristiriitaista. Yhtäältä valtion perustaja Lenin oli julistanut, että ryövärimäiseen kapitalismiin verrattuna sosialismi tarjoaa paremmat mahdollisuudet luonnonvarojen suojeluun. Ennen ensimmäistä maailmansotaa Sveitsissä maanpaossa ollessaan Lenin oli seurannut paikallisissa lehdissä käytyä keskustelua kansallispuiston perustamisesta, ja samaa termiä hän käytti myös omissa teksteissään. Lenin allekirjoitti dekreetin luonnonmuistomerkkien, -puutarhojen ja -puistojen suojelemisesta vuonna 1921, ja sen perusteella maahan perustettiin joukko luonnonsuojelualueita. Toisaalta luonto pyrittiin Neuvostoliitossa valjastamaan kommunismin rakentamisen nimissä kansantalouden palvelukseen. Tämä ajattelutapa pääsi valloilleen erityisesti Stalinin kaudella. Suhtautumisen olisi voinut odottaa lientyvän Nikita Hruštšovin suojasään aikana, mutta näin ei käynyt. Hruštšovin kerrotaan vuonna 1961 tulistuneen toden teolla, kun hän oli nähnyt Altain luonnonsuojelualueella kuvatun dokumenttifilmin, jossa täysikasvuinen mies katseli kiikareilla oravaa. Tämän jälkeen Neuvostoliitossa suljettiin viisi suurta suojelualuetta ja monien jäljelle jääneiden pinta-alaa typistettiin. Luonnonsuojelun kannalta Leonid Brežnevin kauden alku merkitsikin edistystä, joka tosin päättyi pysähtyneisyyden aikana 1970-luvun jälkipuoliskolta alkaen. Ajatus kansallispuiston perustamisesta tuntui tuolloin liian rohkealta, sillä kaikki ”kansalliseen” viittaavakin oli Neuvostoliitossa virallisesti epäsuosiossa – oltiinhan venäläisyyden pohjalle luomassa kokonaan uutta neuvostokansaa.
Vuonna 1956 Viroon perustettiin Jaan Eilartin aloitteesta Luonnonsuojeluseura, Looduskaitse Selts. Koska Eilart ei kuulunut kommunistiseen puolueeseen, hän etsi itselleen samanmielistä liittolaista vallanpitäjien joukosta – ilman sellaista seuran perustaminen ja toiminta ei olisi ollut mahdollista. Tällainen mies oli Viron SNT:n ministerineuvoston varapuheenjohtaja Edgar Tõnurist, josta tuli Luonnonsuojeluseuran ensimmäinen puheenjohtaja. Yhteistyön sujuessa Eilart rohkaistui vuonna 1967 esittämään suunnitelman kansallispuiston perustamisesta. Ideaa oli kuitenkin vaikea saada lävitse sen enempää Tallinnassa kuin Moskovassakaan. Avuksi löydettiin välillä jo tyystin unohduksiin jäänyt Leninin dekreetti, jossa periaatteessa viitattiin myös kansallispuistojen perustamisen mahdollisuuteen, ja löytyipä kansallispuistoja koskevia sitaatteja myös Leninin artikkeleista. Vaikka puoluejohdon suhtautuminen kansallispuistoihin pysyi nurjamielisenä, kukaan ei uskaltanut asettua poikkiteloin Leninin kanssa.
Lahemaa valikoitui ensimmäisen kansallispuiston perustamispaikaksi useammastakin syystä. Se on edustava alue, josta löytyy ainakin hieman lähes kaikkia Viron luonnolle, maisemille ja historialle tunnusomaisia asioita: merta, saaria ja rannikkoa, soita ja metsiä, alvareita, kalastajakyliä ja kartanoita. Lahemaaksi seudun oli ristinyt vironkielisen yliopiston varhaisvuosina Tartossa työskennellyt suomalainen maantieteen professori Johannes Gabriel Granö jo 1900-luvun alkuvuosina. Nimi viittaa Pohjois-Viron rannikon kaistaleeseen, jossa neljä lahtea (Kolga, Hara, Eru ja Käsmu) erottaa neljä suurta niemeä (Jumindan, Pärispean, Käsmun ja Vergin) toisistaan.
Valintaan vaikutti ilmeisen olennaisesti myös kaksi Lahemaan alueen tulevaisuutta uhannutta kehityskulkua. Pohjois-Viroon perustettiin noihin aikoihin useita kaivoksia ja teollisuuskaupunkeja, joihin tuotiin työväkeä pitkin laajaa Venäjänmaata. Lahemaan maaperästä löydettyjen fosforiittivarantojen laajamittaisen hyödyntämisen ja kaivostoiminnan suunnittelu oli jo pitkällä. Tämän lisäksi merenrantaan oli alettu rakentaa yhä enemmän kesämökkejä ja Lahemaan alueelle kaavailtiin useita jättimäisiä mökkiosuuskuntia.
Lahemaan kansallispuisto perustettiin 1.6.1971 eli se on juuri tullut 50 vuoden ikään. Kun Lahemaa oli onnistuttu perustamaan eräänlaisena ennakkotapauksena, kansallispuistohankkeisiin tartuttiin muissakin neuvostotasavalloissa. Lahemaan kehittämistä puolestaan rahoitettiin Moskovasta käsin varsin anteliaasti, koska vuoden 1980 olympialaisten purjehdusregatta kisattiin Tallinnassa. Muun muassa puiston alueella olevat kolme kartanoa sekä vanhoja maatilarakennuksia ja kievareita restauroitiin hienoon kuntoon. Lähellä Tallinnaa sijaitsevasta Lahemaasta sukeutui eräänlainen sosialistisen luonnonsuojelun näyteikkuna. Vaikka matkatoimisto Inturistin ensimmäinen Tallinnan ulkopuolelle suuntautunut retki vei juuri Lahemaalle, ulkomaalaiset eivät saaneet yöpyä alueella ennen 1980-luvun loppuvuosia.
Viron uudelleenitsenäistymisen yhteydessä kansallispuisto ja sen säilyttäminen aiheuttivat jossakin määrin päänvaivaa, sillä omaisuusreformin pääperiaatteena oli maiden palauttaminen laillisille omistajilleen. Vuonna 1991 säädettiin pikaisesti jopa laki Lahemaan kansallispuistosta. Se muodosti perustan kansallispuiston toiminnan järjestämiselle siksi aikaa, kun muiden asian kannalta olennaisten lakien säätäminen oli kesken. Nykyään yksityisomistukseen siirtyneillä mailla on voimassa luonnonsuojelurajoituksia, ja valtio on myös ostanut maa-alueita, joiden suojeluun on haluttu soveltaa tiukempia sääntöjä. Kansallispuiston aluetta jouduttiin kuitenkin uusissa oloissa rajaamaan pienemmäksi.
Tätä nykyä Lahemaa on yksi Euroopan suurimmista metsänsuojelualueista. Luonnontilaan jätetyt metsät eroavat selvästi lähiseudun talousmetsistä. Virolainen käsitys kansallispuistosta tukeutuu vahvasti juuri Lahemaahan. Tällä hetkellä Virossa on kuusi kansallispuistoa, joista nuorin on Koillis-Virossa sijaitseva Alutaguse. Kaikissa kansallispuistoissa kiinnitetään huomiota luontoarvojen suojelun ohella myös kulttuuriperinnön säilyttämiseen.